تشمل نشاطات المعهد البحث الأكاديمي ودعم وتسهيل دراسات الشرق الأوسط في الجامعات الفنلندية وتنظيم مؤتمرات بالتعاون مع الجامعات وتطوير التعاون الأكاديمي والثقافي بين فنلندا ودول الشرق الأوسط بالإضافة إلى الترويج لفنلندا في الشرق الأوسط. ويعد المعهد الفنلندي في الشرق الأوسط واحدا من أربعة معاهد فنلندية أكاديمية خارج دولة فنلندا. ويأتي تمويل نشاطات المعهد من وزارة التعليم والثقافة الفنلندية والمؤسسات الخاصة الداعمة للآداب والفنون وكذلك منظمات المجتمع المدني والمتبرعين في الأعمال الخيرية .مكتب المعهد الفنلندي في الشرق الاوسط في بيروت ولدى المعهد أيضا ممثل في القاهرة.
يقوم مكتب المعهد في القاهرة بتوفير الاتصالات الأكاديمية والروابط والنصائح للباحثين الفنلنديين المهتمين بإجراء أبحاث عن مصر والشرق الأوسط. ويقوم مكتب القاهرة أيضا بربط الجامعات والمعاهد والباحثين الفنلنديين مع مراكز الأبحاث المصرية. كما يقوم بالنشر الإعلامي لنشاطات المعهد في مصر والشرق الأوسط في وسائل الإعلام العربية عموما.
